הטיפול בצבעים הינו אחד מסוגי הטיפולים המופלאים, הפשוטים והיעילים ביותר בשיטת הסו-ג'וק.
כשאנחנו רואים צבע, למעשה אנחנו רואים אורך גל מסוים. אורכי הגל של האור הנראה נעים בין nm 400-700 בין הצבעים אדום לכחול בהתאמה.
הצבע הינו תופעה אוניברסלית. בטיפול בצבעים, ברמה הבסיסית ביותר נשתמש בחוקיות של תיאוריית שלושת המקורות.
הצבע של כוח ההטרו הינו אדום ועל כן נשתמש בו על מנת להפעיל, להניע, לשנות ולטפל בבעיות כרוניות ובבעיות של ניוון ודעיכה. צבע האדום הינו תדר של הפעלה: בטבע נראה אותו בצורות של חום, אש, חיזוק אספקת דם וכדומה.לעומת זאת בבעיות אקוטיות שנגרמו עקב שינוי פתאומי דוגמת פציעה, טראומה, דלקת, התקף אלרגיה וכדומה נשתמש דווקא בחיזוק כוח ההומו ע"י הצבע הכחול, צבע כחול בטבע הינו מקרר, מכווץ ומרגיע.השימוש בצבעים הינו פשוט, אין צורך להשתמש בצבעים מיוחדים, כל צבע שהוא (טוש, מרקר, צבע מים, אודם) על פני העור בנקודה מדויקת יכול לגרום לאפקט מרשים. מומלץ להשתמש בצבעים שאינם רעילים. על בסיס התרפיה בצבעים פותחה התרפיה באמצעות מכשיר אור. מכשיר אור מעביר את אורך הגל המסוים אל הגוף אבל מאפשר גם לתת תדירות ובכך לחזק את האפקט ואת גירוי הנקודה.בשלבים מתקדמים יותר בתרפיית הסו-ג'וק אנחנו לומדים להכיר צבעים נוספים ואת משמעותם וכיצד להשפיע באמצעותם על תעלות זרימה ספציפיות העוברות על גבי מערכות ההשתקפות.